По наблюдениям специалистов, зачастую СХУ начинается с гриппоподобного состояния.
Через несколько дней развиваются генерализованная мышечная слабость, болезненность отдельных мышц, полиартралгия и длительная усталость после любых, даже незначительных физических нагрузок. Несколько позже могут появиться расстройства сна, ухудшиться память и возникнуть депрессивные явления, иногда в сочетании с высыпаниями на коже и слизистых оболочках рта, глотки и миндалин либо симптомами поражения внутренних органов (печени, легких, почек, пищеварительного тракта). В некоторых случаях у женщин наблюдаются воспалительные заболевания органов малого таза, бесплодие, в анамнезе - привычное невынашивание беременности, спонтанные аборты, многоводие, раннее отхождение околоплодных вод и преждевременные роды.
Иногда болезнь прогрессирует, иногда – протекает в циклической форме, при которой ремиссии чередуется с обострениями, но в любом случае спрогнозировать течение СХУ невозможно.