Диарея развивается вследствие нарушения нормального функционирования кишечного тракта, ускорения пищеварительного процесса, что и приводит к разжижению испражнений и учащению дефекации.
Понос обычно вызван вирусной или бактериальной инфекцией и пищевым отравлением. Чаще всего возбудителями поноса являются бактерии Escherichia coli и сальмонеллы, которые содержатся в загрязнённой пище и воде. Диарея, вызванная бактериальной инфекцией, чаще всего возникает у туристов, посещающих экзотические страны, поэтому её также иногда называют «диареей путешественников». Диарею также могут вызвать вирусы простого герпеса и гепатита.
Кроме того, диарея может быть вызвана некоторыми лекарственными препаратами, например, антибиотиками.